При этом для аптечных организаций на упрощенной системе возможны несколько сценариев работы с НДС, в зависимости от уровня дохода, момента начала деятельности и выбранного варианта налогообложения.
Аптечная деятельность не относится к медицинской, а квалифицируется как торговля. Поэтому освобождение от НДС по статье 149 НК РФ на аптеки в целом не распространяется.
Однако отдельные медицинские товары включены в перечень, реализация которого освобождается от НДС.
С 2026 года право на освобождение от НДС сохраняется только у небольших аптечных организаций, если их налоговый доход за 2025 год не превысил 20 млн рублей.
Если в течение года доход превысит указанный лимит, аптека утрачивает освобождение с первого числа месяца, следующего за месяцем превышения. Освобождение не сохраняется и на следующий год
(п. 1 ст. 145 НК РФ, п. 3 Методических рекомендаций по НДС для УСН, утв. письмом ФНС от 17.10.2024 № СД-4-3/11815@).
Рассмотрим ситуацию.
Аптека в 2025 году применяла УСН, ее налоговый доход составил 18 млн рублей. С 01.01.2026 она освобождена от НДС.
В сентябре 2026 года доход превысил 20 млн рублей. В этом случае аптека утрачивает освобождение с 01.10.2026 и будет являться плательщиком НДС до конца 2027 года.
Если по итогам 2027 года доход снова не превысит 20 млн рублей, освобождение будет восстановлено с 01.01.2028.
Важно учитывать, что отказаться от освобождения по НДС нельзя (письма Минфина от 07.10.2024 № 03-07-11/96800, от 02.10.2024 № 03-07-11/95245).
Аптека, начавшая деятельность в 2026 году, освобождается от обязанностей плательщика НДС с момента регистрации
(п. 1 ст. 145 НК РФ, п. 4 Методических рекомендаций).
Дальнейший порядок аналогичен сценарию 1: освобождение действует до тех пор, пока налоговый доход с начала 2026 года не превысит 20 млн рублей.
С первого числа месяца, следующего за месяцем превышения, аптека становится плательщиком НДС.
Если доход аптечной организации за 2025 год превысил 20 млн рублей, с 01.01.2026 она вправе применять специальные (пониженные) ставки НДС.
Ставка | Условие |
5% | Если доход за 2025 год не превысил 272,5 млн. руб. |
7% | Если доход за 2025 год превысил 272,5 млн. руб., но позволил работать на УСН в 2026 году, то есть не превысил 490,5 млн. руб. |
Пониженные ставки зависят от величины дохода за 2025 год:
● ставка 5% — при доходе до 272,5 млн рублей;
● ставка 7% — при доходе свыше 272,5 млн рублей, но в пределах лимита для УСН (490,5 млн рублей).
Ключевая особенность специальных ставок — вычеты НДС по приобретенным товарам, работам и услугам не применяются (п. 17 Методических рекомендаций).
НДС исчисляется от цены товара без НДС
(п. 1 ст. 154 НК РФ, п. 13 Методических рекомендаций).
Например, цена товара без НДС составила 200 руб., тогда сумма НДС равна:
10 руб. — при ставке 5% (200 руб. × 5%)
14 руб. — при ставке 7% (200 руб. × 7%)
Итоговая цена товара с учетом НДС составит:
210 руб. — при ставке 5% (200 руб. + 10 руб.)
214 руб. — при ставке 7% (200 руб. + 14 руб.)
Перейти на пониженную ставку можно:
● с начала года;
● либо с начала любого налогового периода по НДС — квартала (п. 8 Методических рекомендаций).
Уведомлять ФНС о выборе ставки не требуется — информация отражается в декларации по НДС
(п. 7 Методических рекомендаций).
Пониженную ставку необходимо применять не менее трех лет подряд, за исключением следующих ситуаций.
Ситуация 1. Доход за год не превысил 20 млн рублей
В этом случае аптека получает освобождение от НДС с начала следующего года, даже если трехлетний срок применения пониженной ставки не истек.
Ситуация 2. Доход превысил 272,5 млн рублей
Если аптека применяла ставку 5%, она обязана перейти на ставку 7% с месяца, следующего за месяцем превышения. Ставка 7% применяется до конца текущего и следующего года.
Ситуация 3. Переход на общие ставки
Если аптека впервые стала плательщиком НДС с 2026 года и выбрала ставку 5%, для перехода на общую ставку 22% (или 10%) необходимо отказаться от пониженной ставки. Переход возможен с начала квартала.
Ситуация 4. Доход превысил 490,5 млн рублей
С месяца превышения аптека утрачивает право и на УСН, и на пониженную ставку НДС (п. 4 ст. 346.13, п. 8 ст. 164 НК РФ).
Кроме того, с 1 января 2026 года разрешено добровольно перейти на общую ставку 22% в течение первых четырех кварталов применения пониженных ставок (пп. «е» п. 8 ст. 2 Федерального закона от 28.11.2025 № 425-ФЗ).
При применении общих ставок НДС налог исчисляется от цены товара без НДС (п. 1 ст. 154 НК РФ, п. 13 Методических рекомендаций).
Представим, цена товара без НДС составила 200 руб., тогда сумма НДС равна:
44 руб. — при ставке 22% (200 руб. × 22%)
20 руб. — при ставке 10% (200 руб. × 10%)
Итоговая цена товара с учетом НДС составит:
244 руб. — при ставке 22% (200 руб. + 44 руб.)
220 руб. — при ставке 10% (200 руб. + 20 руб.)
Основное преимущество общих ставок — право на вычеты входного НДС по товарам, работам и услугам.
При реализации товаров с разными ставками НДС (10% и 22%) необходимо вести раздельный учет выручки
(п. 1 ст. 153, п. 1 ст. 166 НК РФ).
Раздельный учет реализуется в учетных системах, поскольку ставка НДС должна быть указана в чеке ККТ
(п. 1 ст. 4.7 Федерального закона от 22.05.2003 № 54-ФЗ).
Аптеки, освобожденные от НДС либо применяющие специальные ставки, включают входящий НДС в стоимость товаров и услуг.
При объекте «доходы минус расходы» такой НДС учитывается в расходах, если соответствующие затраты признаются для целей УСН (подп. 3, 8 п. 2 ст. 170, п. 1 ст. 346.16 НК РФ).
Доход для целей УСН всегда определяется без НДС, независимо от применяемой ставки (п. 1 ст. 346.15, п. 1 ст. 248 НК РФ).
Отдельно стоит учитывать специфику аптечного бизнеса — возможность применять льготную ставку НДС 10%при реализации отдельных медицинских изделий. В ряде случаев это делает общие ставки более выгодными, чем пониженные.
Сравним налоговые обязательства двух аптек, уплачивающих НДС на УСН.
Две аптеки работают на УСН «Доходы минус расходы» со ставкой 15%.
Аптека № 1 применяет специальную ставку 5%, аптека № 2 — общие ставки 22% (10%). Каждая за год продала товаров на сумму 100 млн. руб. без НДС.
Аптека №2 продала товар:
На сумму 85 млн. руб. без НДС | По ставке НДС 10% |
На сумму 15 млн. руб. без НДС | По ставке НДС 22% |
Затраты каждой аптеки на приобретение товара составили 70 млн. руб. за вычетом НДС. Из них:
59,5 млн. руб. (85 млн. руб. / 100 млн. руб. х 70 млн. руб.) | Товары со ставкой НДС 10% |
10,5 млн. руб. (15 млн. руб. / 100 млн. руб. х 70 млн. руб.) | Товары со ставкой НДС 22% |
Итого общие затраты каждой аптеки на приобретение товара с НДС составили 78,26 млн. руб. (59,5 + 59,5 х 10% + 10,5 + 10,5 х 22%), в том числе НДС 8,26 млн. руб.
Прочие затраты каждой аптеки, учитываемые для целей УСН, составили 15 млн руб. Расчет налоговой нагрузки:
Показатель | Аптека № 1, млн. руб. | Аптека № 2, млн. руб. |
НДС, исчисленный с выручки | 5 (100 × 5%) | 11,8 (85 × 10% + 15 × 22%) |
НДС к вычету по товарам (работам, услугам) | 0 | 8,26 |
НДС к уплате в бюджет | 5 (5 — 0) | 3,54 (11,8 — 8,26) |
Доход, облагаемый УСН | 100 (105 — 5) | 100 (111,8 — 11,8) |
Расходы, учитываемые для целей УСН | 93,05 (78,05 + 15) | 85 (78,26 — 8,26 + 15) |
Налоговая база по УСН | 6,95 (100 — 93,05) | 15 (100 — 85) |
Налог УСН к уплате | 1,04 (6,95 × 15%) | 2,25 (15 × 15%) |
Итого налоговая нагрузка | 6,04 (5 + 1,04) | 5,79 (3,54 + 2,25) |
Расчеты показывают, что несмотря на более высокую ставку НДС при общих режимах, за счет вычетов итоговая налоговая нагрузка может быть ниже, чем при применении пониженных ставок.
Аптека, независимо от выбранной ставки НДС, обязана:
● сдавать декларацию по НДС ежеквартально в электронном виде;
● уплачивать НДС равными частями ежемесячно в течение квартала;
● вести книги продаж и покупок (п. 3 ст. 169, п. 1, 5 ст. 174 НК РФ).
Счета-фактуры, как правило, не оформляются — их заменяют чеки ККТ. В книге продаж регистрируются данные фискального накопителя с кодом операции «26».енных ставок.
Налоговые обязанности и права | Аптека освобождена от НДС | Аптека со ставкой НДС 5% (7%) | Аптека со ставкой НДС 22% (10%) |
Исчисление НДС с выручки | Нет | Да: — по ставке 5% (7%) от цены продажи товара без НДС; — по расчетной ставке 5/105 (7/107) с авансов | Да: — по ставке 22% (10%) от цены продажи товара без НДС; — по расчетной ставке 22/122 (10/110) с авансов |
Вычеты НДС | Нет | Вычетов НДС с покупок нет. Применяются некоторые вычеты, например, с аванса, возвращенного покупателю | Применяются все вычеты, в том числе с покупок |
Подача декларации по НДС | Нет | Да | Да |
Уплата НДС в бюджет в составе ЕНП | Нет | Да | Да |
Оформление счетов-фактур | Нет | Нет, если оформляется чек ККТ | Нет, если оформляется чек ККТ |
Ведение книги продаж | Нет | Да | Да |
Ведение книги покупок | Нет | Нет, если в налоговом периоде нет вычетов НДС | Да |
Перенастройка ККТ и ПО для корректной работы ККТ с 01.01.2026 | Да | Да | Да |
Вычет НДС по товарным остаткам по состоянию на 01.01.2026 | Нет | Нет | Да, при наличии счетов-фактур поставщиков (п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ, п. 8, 9.1 ст. 8 Федерального закона от 12.07.2024 № 176-ФЗ, п. 18 Методических рекомендаций) |